浸出得到的毛油中含有大量雜質和有害物質，如水分、懸浮雜質、膠溶性雜質、脂溶性雜質以及有毒有害物質（如芥子苷、黃曲霉毒素等）。
因此，需要對毛油進行凈化處理，包括水洗脫膠、堿煉脫酸、真空脫水、吸附脫色、真空脫臭等工藝步驟，以去除雜質和有害物質，提高油品的品質和安全性。
脫酸：即用堿液中和油：中的游離脂肪酸，起到脫酸、脫色，脫雜質的作用。堿煉的程序是將油脂放在鍋中用小火加熱，消除氣泡，倒入預先調柵好的堿液，攪拌均勻，產生皂化反應，待出現游離狀態的皂粒后，邊加熱邊攪拌，在短時間內使油溫上升至50一60℃，停止加熱和攪拌，靜置24小時，取出上層清油，再加熱到100—105℃，去掉殘留水分。
脫色：根據需要而定，當用戶要求去掉色素時，可進行脫色處理。脫色采用漂白粉，酸性白土、硅藻土或活性炭囁附。脫色程序是將玉米油倒入脫色罐中，池加熱攪拌邊添加吸附劑。待認為色澤適宜時，用壓濾機過濾，即得脫色玉米油。
脫臭：有真空蒸汽脫臭法。氣體吹入法、加氫法和聚合法等，其中效果最好，最常使用的是真空蒸汽脫臭法。真空蒸汽脫臭，即水蒸汽蒸餾脫臭。當水蒸汽通過含有臭味組分的油脂時，氣，液面接觸，水蒸汽被揮發出來的醛、酮、游離脂肪酸等低沸點臭味組分所飽和，并按其分壓的比例逸出，從而去掉油脂中所含的臭味;主要設備有脫臭鍋，冷凝器和真空泵等。
脫蠟：用壓濾機除掉油脂中的一元醇與高級脂肪酸鉤結合物。由于玉米胚芽油的蠟質含量底，在水化前過濾除去一部分蠟，所以對食用沒有影響，因此國內油廠大多不進行玉米油脫蠟處理。
